瓶裝純凈水和蒸餾水均只是普通純水而不是高純水，水中仍含有少量離子和有機物等雜質，用以配制液相和洗脫液不僅可能污堵昂貴的色譜柱，也影響HPLC定出平坦的基線。
　　
　　瓶裝純凈水的純化工藝，通常包括吸附、過濾、反滲透等，對顆粒性有機物的去除效果較好，但對微量有機物的去除卻不能滿足高靈敏度的HPLC實驗之需求，并且，由于其包裝通常多為PVC瓶，透氧率高，同時存在一定的化學溶出量，從而污染瓶中的純凈水，尤其是保存一段時間后，水質下降更多，因此表現在HPLC色譜圖上，雖無特定吸收峰，但基線存在較嚴重的不穩干擾。
　　
　　有專家對重蒸水進行HPLC檢測時發現，254nm和214nm在22-27分鐘時都出現較強的吸收峰，這表明有疏水性較強的有機物污染，其原因應是蒸餾過程的共沸現象導致了某些揮發性有機物去除不*。
　　
　　"Water Purifier"超純水系統綜合了水質預處理、雙級反滲透、超純化后處理等多種精密純化工藝，產水水質指標接近Milli-Q水，并且超純水即取即用，不會因儲存引入污染，水質有保證，較之使用瓶裝純凈水或蒸餾水，更能滿足用戶高精度儀器分析的需要。