通常，實驗室和生產過程中使用的純水和超純水幾乎都是以自來水廠生產的飲用水為基礎生產出來的。但是，自來水廠生產的飲用水除了含有懸浮物以外，還含有離子和有機成分的雜質。溶解在水中的氣體也必須從純水和超純水中清除出去。只有這樣做，才能得到性質穩定、純凈度高的水。
　　
　　在生產過程中，有一點得到了生產者的共識：純水和超純水的生產制造技術能夠減少源于細菌的生物膜，但是無法*這些生物膜。實踐告訴我們：盡管超純水中的營養物質含量極低，但是微生物還是能以很快的速度繁殖起來。實踐還告訴我們另外一個不變的真理：保持一個系統的純凈比清理一個受到污染的系統要簡單得多。因此，保證能對細菌進行監控的重要設計準則是：高流速、光潔的表面和zui小的死角區域。
　　
　　全面消毒
　　
　　事實上，在常溫下生產醫用純凈水的生產設備是受到細菌污染了的設備。與消毒不同，熱水消毒并不能像殺菌消毒那樣殺滅所有的細菌。熱水消毒只能減少受污染設備的細菌數量，將其降低到2‰~3‰。
　　
　　高純度凈化樹脂
　　
　　對于純凈度要求zui高的純凈水，Werner超級凈水生產系統每小時的產量高達20000L。其每一個凈水器的容量為600L，內裝半導體高純度凈化樹脂。附加的TOC吸附器通過紫外線氧化技術對生產出來的純凈水進行進一步的純化，將水中有機物的含量降低到小于0.5ppbTOC的水平。
　　
　　水質軟化的重要性
　　
　　在純凈水生產的前期準備工作中，水質的軟化也是非常重要的一項工作；但是，事情都是一分為二的，水質軟化設備也給純凈水的生產帶來了一定的風險。它的離子交換樹脂濾芯也為微生物提供了很好的棲息地。為了限制這種不利情況，許多用戶又回頭采用了內置的消毒清潔系統，但這也帶來了附加投資費用的增加。